《凡人修仙传》的故事结构主要分为人界、灵界、仙界三个部分，具体如下：

• 人界篇
  • 七玄门起步：韩立出身于天南越国家境贫寒的山村，为改善家庭处境，参加七玄门考核，成为墨大夫门下记名弟子，开始修炼《长春功》，并偶然捡到神秘小瓶，利用小瓶催生药草调制丹药提升修为。后来与墨大夫摊牌，在夺舍大战中胜出，随后离开七玄门。
  • 黄枫谷修行：韩立加入越国七大修仙派之一的黄枫谷，成为外门弟子，修炼《青元剑诀》。他在筑基期参加血禁之地试炼，与南宫婉合力斩杀墨蛟，修为提升。但在与魔道一战中，被黄枫谷高层当成弃子，于是决心脱离黄枫谷。
  • 乱星海闯荡：韩立借助天南地区的古传送阵来到乱星海，结识妙音门门主之女紫灵，获得虚天鼎、风雷翅等宝物，修为更加精进。
  • 落云宗崛起：韩立返回天南，加入落云宗并成为长老，收获银月追随。此时天南修仙界和幕兰草原法士开战，韩立在决战中挽回局势，但也因此得罪阴罗宗。阴罗宗四长老对南宫婉种下封魂咒，韩立为救南宫婉，来到小极宫，后通过传送阵进入虚天殿，修为大成成为天南第一修士。他从坠魔谷拿到解药，解救了南宫婉，两人结为道侣，之后凭借修为和银月留下的线索飞升灵界。
• 灵界篇
  • 天渊城潜修：韩立初入灵界潜修，渡天劫时因两色雷劫被天渊卫认出，招入天渊城。他在天渊城潜修近百年，因激发玄天果实引发灵界诸族骚动。外出寻找药材时遇夜叉大军袭击，流落到天鹏族，假扮圣子协助通过地渊试炼，在地渊深层见到元瑶，后在元瑶和青元子帮助下离开，进入雷鸣大陆。
  • 广寒界进阶：韩立获得广寒令、修复天外魔甲以及巨猿精血等宝物后，前往广寒界修炼，修为大增。为使修为更精进再次来到地渊，得到宝物冥河神乳。返回灵界时，魔灾提前爆发，在冰凤相助下，韩立对战魔族第一魔尊，使用符箓天戈符和灵宠噬金虫消灭对方神魄，带领天渊城获得大胜。
  • 木族之战立功：木族之战中，木族高层力量损失过重，韩立参与构建抵御魔族的阵法，守护阵眼，帮助木族渡过危机。
• 仙界篇
  • 青元宫建立与游历：韩立进阶大乘境界，在无涯海建立青元宫，后与紫灵一起出门游历。他得知南宫婉飞升灵界时意外飞升到小灵天，于是前往小灵天找到南宫婉。
  • 血天大陆平乱：出小灵天后，韩立得知真仙境界的马良在灵界血天大陆掀起血雨腥风，便和众多大乘修士联手击杀马良，获得灵界第一大乘威名。之后韩立得到掌天瓶、广灵道果等宝物，回到人族闭关八千多年，最终飞升真仙界，大道遂成。